Nationalekonomi har bedrivits vid Lunds universitet, med kortare avbrott, sedan dess grundande 1668 då tysken Samuel von Pufendorf blev professor i natur- och folkrätt. År 1750 inrättade filosofiska fakulteten en professur i "ekonomi och commercier", vilken vid Carl Adolph Agardhs tillträde 1812 hade utökats till "ekonomi och botanik". Professuren upphörde vid hans avgång 1835. År 1833 tillkom en professur vid juridiska fakulteten i "Ekonomi och kameral lagfarenhet". Dess utan jämförelse mest lysande innehavare var Knut Wicksell, som verkade i Lund mellan 1901 och 1916.

Johan Åkerman fick 1943 filosofiska fakultetens första professur med ämnesbeteckningen nationalekonomi och blev den som grundande nationalekonomiska institutionen 1947 med egna lokaler vid Kyrkogatan. Ämnet uppgick 1964 i den samhällsvetenskapliga fakulteten då denna bildades.

År 1988 flyttade institutionen från Gamla köket på Södra lasarettsområdet till Holger Crafoords Ekonomicentrum. Idag ingår institutionen i Ekonomihögskolan vid Lunds universitet, som blev en egen fakultet 2003.