Mikroekonomi handlar om enskilda individers, företags och offentliga institutioners beteende och samspel, och konsekvenserna av detta samspel för ekonomin som helhet. En viktig grupp av frågeställningar rör prisbildning och resursallokering i marknader med såväl många som få aktörer. Mikroekonomisk teori utgör ett kraftfullt verktyg i flertalet av institutionens övriga inriktningar och de centrala kurserna i mikroekonomisk teori ingår därför som rekommenderade eller obligatoriska i dessa inriktningar.

Som exempel på problem vars analys kräver en mikroekonomisk bakgrund kan följande axplock nämnas. Den mikroekonomiska produktionsteorin kan användas för effektivitetsstudier av företag, branscher och institutioner inom stat och kommun. Produktions- och konsumtionsteorin används för värdering av t.ex. de miljökonsekvenser som olika handlingsalternativ är förenade med.

Den del av mikroekonomin som benämns industriell organisation/industriell ekonomi analyserar bland annat nya företags möjligheter att etablera sig på en fåtalsmarknad: Vilka företag som har starkast incitament att utveckla nya produkter; vilka möjligheter man har att upptäcka kartellbildning genom marknadsobservationer; hur tilldelning av t.ex. sändningsrätter för tredje generationens mobiltelefoni bör ske (via någon form av auktion eller via en administrativ fördelning); o.s.v. Den mikroekonomiska analysen av val under osäkerhet utgör också grunden för utformning av såväl finansiella instrument som försäkringskontrakt. Mikroekonomisk teori har på senare tid använts allt mer för att analysera företags och förvaltningars inre organisation.